Matadi bénéficie d'une localisation particulière : la ville se trouve à l'extrême limite de la zone de navigabilité accessible depuis le port de Banana, sur l'embouchure du fleuve, située à 148 kilomètres vers l'ouest. Le confluent du Congo avec la rivière M’pozo se trouve également en amont de la ville. Le canyon de la rivière est la voie de passage du chemin de fer vers Kinshasa.
La ville, étirée à flanc de colline, tire son nom de l'environnement accidenté qui l'accueille, de la proximité des rapides. Matadi signifie en effet pierres en kikongo.
La frontière avec l'Angola se situe à quelques kilomètres vers le sud et vers l'aval du fleuve.
Un pont suspendu de 722 mètres de long construit en 1983, dénommé Pont Matadi (anciennement Pont Maréchal), relie la ville à la rive droite, permettant l'accès à la ville de Boma et au barrage hydroélectrique d'Inga. Il est le pont suspendu le plus long du continent africain et attire régulièrement des touristes. Toutefois, le chemin de fer n'a pas encore été installé sur le pont.
En amont de la ville peut être observé le rocher de Diogo Cão, où le célèbre explorateur portugais sculpta, en 1482, la marque du point limite de sa remontée du fleuve.